Институт является одним из ведущих научных учреждений, разрабатывающим приоритетные вопросы современной физиологии растений, молекулярной биологии и экологии растительных организмов.

Основной целью научных исследований СИФИБР СО РАН является получение новых фундаментальных знаний об основах жизнедеятельности клеток, организмов и их сообществ и создание на основе этих знаний безопасных генмодифицированных растений, имеющих ценные признаки; получение новых устойчивых, высокопродуктивных и быстрорастущих сортов сельскохозяйственных, плодовых, лекарственных и древесных растений, а также технологий их выращивания; разработка высокоэффективных продуцентов лекарственных и других целевых веществ, исследования видового и экосистемного биоразнообразия Восточной Сибири; разработка методов мониторинга наземных экосистем, включая агроэкосистемы, определение основных показателей их ресурсного потенциала и биосферных функций, в том числе в балансе углерода в зависимости от широтно-зональных градиентов среды, антропогенного воздействия и глобальных климатических изменений.

Институт ведет активную образовательную деятельность и готовит кадры высшей профессиональной квалификации через базовые кафедры, систему аспирантуры и соискательство. Кроме того в Институте функционирует Малая школьная академия, которая ведет образовательную и научно-просветительскую работу со школьниками.