• Россия, 664033, г. Иркутск,
    ул. Лермонтова, д.132
  • (3952) 42-67-21

 Центр коллективного пользования научным оборудованием «Биоаналитика» создан в 2017 г. в соответствии  с приказом директора СИФИБР СО РАН от 30.01.2017 г. № 4д

ЦКП является структурным подразделением федерального государственного бюджетного учреждения науки Сибирский институт физиологии и биохимии растений Сибирского отделения Российской академии наук (далее – СИФИБР СО РАН), оказывающим научные услуги подразделениям СИФИБР СО РАН, научным организациям, подведомственным ФАНО России, а также сторонним организациям и ВУЗам РФ, ведущим исследования в области физиологии, биологии и экологии растений с использованием оборудования и научных приборов, находящихся на балансе СИФИБР СО РАН.

В ЦКП на момент организации входят следующие подразделения:

- Биофизических и химических методов исследования;
- Станция искусственного климата;
- Молекулярно-генетических методов исследований;
- Ультрацентрифугирования;
- Микроскопии;
- Секвенирования.

Центр имеет 56 дорогостоящих приборов общей стоимостью 144,5 млн рублей.

Общее руководство ЦКП «Биоаналитика» осуществляет с.н.с Шмаков Владимир Николаевич, тел. +79149085708, E-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Результаты работы центра публикуются в виде монографий и научных статей.

ЦКП «Биоаналитика» расположен по адресу: 664033, г. Иркутск, ул. Лермонтова, 132

Документы

Форма заявки

Форма заявки для выполнения работ и (или) оказания услуг

Перечень применяемых в ЦКП методик

Методики, используемые в ЦКП «"Биоаналитика" СИФИБР СО РАН

Название методики Публикация, где была методика охарактеризована наиболее полным образом
Метод выделения митохондрий, пластид и вакуолей из корнеплодов столовой свеклы (Beta vulgaris L.) Прадедова Е.В., Ишеева О.Д., Саляев Р.К. Супероксиддисмутаза вакуолей клеток растений // Биологические мембраны. – 2009. – Т. 26, № 1. – С. 21-30.
Определение ферментной активности липоксигеназы, ДГАР, глутатионредуктазы 1. Пермякова М.Д., Пермяков А.В., Осипова С.В., Пшеничникова Т.А., Шишпаренок А.А., Рудиковская Е.В., Рудиковский А.В., Верхотуров В.В., Бернер А. Генетическая регуляция активности разных форм липоксигеназы пшеницы при водном дефиците. Мат-лы Всероссийской научной конференции с международным участием “Факторы устойчивости растений и микроорганизмов в экстремальных природных условиях и техногенной среде“ (12-15 сентября 2016 г), Иркутск, С. 248-249.
2. Osipova S. Regions of the bread wheat D genome associated with variation in key photosynthesis traits and shoot biomass under both well watered and water deficient conditions/S. Osipova, A. Permyakov, M. Permyakova, T. Pshenichnikova, V. Verkhoturov, A. Rudikovsky, E. Rudikovskaya, A. Shishparenok, A. Doroshkov, A. Börner// Journal of Applied Genetics. -2016, V57 (2). P 151-163. DOI: 10.1007/s13353-015-0315-4.
Получение ферментного экстракта Osipova S.V., Permyakov A.V., Permyakova M.D., Pshenichnikova T.A., Genaev M.A. Börner A. 2013. The antioxidant enzymes activity in leaves of inter – varietal substitution lines of wheat (Triticumaestivum L.) with different tolerance to soil water deficit// Acta Physiologiae Plantarum, 35:2455-2465, DOI:10.1007/S11738-013-1280-3
Получение субклеточных фракций из листьев пшеницы Пермякова М.Д. Хромосомные области, ассоциированные с активностью липоксигеназы в геноме D TriticumaestivumL. при водном дефиците//М.Д. Пермякова, А.В. Пермяков, С.В. Осипова, Т.А. Пшеничникова, А.А. Шишпарёнок, Е.Г. Рудиковская, А.В. Рудиковский, В.В. Верхотуров, А. Бёрнер/ Физиология растений. - 2017. Т. 64. № 1. С. 1-14. DOI: 10.7868/S0015330317010110
Выделение общего клеточного белка из хвои сосны обыкновенной Korotaeva N.E., Oskorbina M.V., Kopytova L.D., Suvorova G.G., Borovskii G.B., Voinikov V.K.Variations in the content of stress proteins in the needles of common pine (pinus sylvestris l.) within an annual cycle // Journal of Forest Research. 2012. Т. 17. № 1. С. 89-97.
Определение фотосинтетических пигментов в растительных тканях Hendrik Kupper, Sven Seibert, Aravind Parameswaran Fast, Sensitive, and Inexpensive Alternative to Analytical Pigment HPLC: Quantification of Chlorophylls and Carotenoids in Crude Extracts by Fitting with Gauss Peak Spectra // Anal. Chem. 2007. Vol.79. No 20. 7611-7627
Выделение мембранной и растворимой форм аденилатциклазы 1. Ломоватская Л. А. Влияние N-фенил-2-нафтиламина на активность компонентов аденилатциклазной сигнальной системы и вирулентность бактериальных фитопатогенов и мутуалистов растений / Л. А. Ломоватская, Л. Е. Макарова, О. В. Кузакова, А. С. Романенко, А. М. Гончарова // Прикладная биохимия и микробиология. – 2016. – Т. 52, № 3. – С. 306–311.
2. Ломоватская Л. А. Сравнительная оценка роли цАМФ и аденилатциклаз патогенов животных, фитопатогенов и мутуалистов растений в контроле их вирулентности / Л. А. Ломоватская, А. С. Романенко, О. В. Кузакова// Вестник Харьковского национального аграрного университета. Серия Биология. – 2016. – Вып. 1 (37). – С. 78–87.
Выделение вакуолярных мембран (везикул тонопласта) Саляев Р.К., Кузеванов В.Я., Хаптагаев С.Б., Копытчук В.Н. Выделение и очистка вакуолей и вакуолярных мембран из клеток растений // Физиология растений. 1981. Т. 28. С. 1295–1305.
Выделение плазмалеммы Larsson C, Sommarin M, Widell S Isolation of highly purified plant plasma membranes and separation of inside-out and right-side-out vesicles.// MethodsEnzymol. 1994. 228: 451–469
Выделение липидных рафтов Mongrand S1, Morel J, Laroche J, Claverol S, Carde JP, Hartmann MA, Bonneu M, Simon-Plas F, Lessire R, Bessoule JJ. Lipid rafts in higher plant cells: purification and characterization of Triton X-100-insoluble microdomains from tobacco plasma membrane. //J Biol Chem. 2004 27;279(35):36277-86.
Секвенирование ДНК по методу Ф. Сэнгера с помощью автоматического капиллярного электрофореза BigDyeTMTerminatorv3.1 CycleSequencingKit. UserGuide, ThermoFisherScientific, 2016, Publicationnumber 4337035,Revision C
Термографическая регистрация тепловых эффектов у растений при низкотемпературном стрессе Kovchavtcev A.P., V.M. Bazovkin, V.G. Polovinkin, K.A. Finnikov, A.M. Korzun, A.V. Kolesnichenko, V.K. Voinikov. Thermographic registration of thermal effects in plants exposed to cold stress// J. stress physiol. biochem. 2011. V.7, N 4. pp.437-445.
Количественное определение изменений уровней экспрессии генов с помощью ПЦР в реальном времени 1. V. I. Tarasenko, A. I. Katyshev, T. V. Yakovleva, E. Y. Garnik, V. V. Chernikova, Y. M. Konstantinov, M. V. Koulintchenko.RPOTmp, an Arabidopsis RNA polymerase with dual targeting, plays an important role in mitochondria, but not in chloroplasts // Journal of Experimental Botany. – 2016. – V. 67. – P. 5657–5669.
2. Gibson, U.E., Heid, C.A. & Williams, P.M. A novel method for real time quantitative RT-PCR. GenomeRes. 6, 995–1001 (1996).
Количественное определение изменений профилей экспрессии генов на уровне целого транскриптома с использованием технологии ДНК- микрочипов высокого разрешения SchenaM., ShalonD., DavisR.W., BrownP.O.Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray // Science. – 1995. –V.270(5235). – P.467-470.

Основные направления исследований, проводимых в ЦКП

  • Исследования в области биологии развития и эволюция живых систем: физико-химические основ физиологических процессов в растениях
  • Исследования в области клеточной биологии: экспрессии генетической информации в клетке, генетической инженерии
  • Инструментальные методы изучения механизмов устойчивости и продуктивности растений
  • Исследования в области физиолого-экологических проблем биоразнообразия.

Перечень выполняемых типовых работ и оказываемых услуг

Оборудование Перечень выполняемых работ (услуг) Параметры
1 ЦентрифугиAllegra 64 R 1. Экстракция общего клеточного белка хвои.
2. Экстракция общего клеточного белка арабидопсиса.
1. 8 мл*6, 50000g;
2. 3 мл*6, 15000g
Первичное осаждение митохондрий В объеме 800 мл (2*400 мл) при 4000g
1.Осаждение белка, липоксигеназы, ДГАР
2. Очистка образца методом центрифугирования
25 000 g;
40 мин;
Объём 1,5 мл ×12 штук.
Дифференциальное центрифугирование. V=30 мл × 6= 180 мл;
16 000 g
2 Ультрацентрифуга Sorvall Discovery 90 SE 1.Дифференциальное центрифугирование.
2.Получение микросомальной фракции.
V=5 мл × 8=40 мл;
105 000 g
3 Центрифуги: Avanti J-26XP, Sorvall Discovery 90 SE, Allegra 64 R Очистка экстракта от взвешенных частиц 10 000 g, 4 °С, 5 мин
6 × 38,5 мл
4 Генетический анализатор 3500 (Applied Biosystems) Секвенирование ДНК по методу Сэнгера Длина прочтения (в основаниях):
- максимальная – 1000;
- средняя – 800;
- средняя в хорошем разрешении – 500-600.
Для первых 20-25 оснований – прочтение не гарантируется.

Тип анализируемой матрицы:
- плазмидная ДНК (< 15 тыс. п.о.);
- ПЦР-продукт (250-2000 п.о.);
- одноцепочечная ДНК;
- космиды и ВАС;
- бактериальная ДНК;
- другие варианты по согласованию.
5 Автоматическая станция для разрушения и гомогенизации биообразцов TissueLyser II Автоматизированная гомогенизация биологических образцов 3-30 Гц
6 Автоматическая станция для выделения ДНК, РНК и белков QIAcube Автоматизированное выделение препаратов нуклеиновых кислот и белков 1-12 образцов
7 Центрифуга 5415R Осаждение/разделение клеточных компонентов при выделении/очистке биополимеров 13200 об/мин, 16 100 g,
0 – 40 °C
8 Центрифужный испаритель Concentrator plus Концентрирование/высушивание биологических образцов 30, 45, 60°С,
1400 об/мин,
максимальный уровень вакуума -20мбар
9 Спектрофотометр SmartSpec Plus Определение количества клеток, нуклеиновых кислот, белков и т.д. в биологических препаратах 200-800 нм
10 Амплификатор C1000 Touch с реакционным модулем CFX96 Исследование профилей экспрессии генов, определение копийности ДНК 6 каналов, диапазон поглощения/испускания 450–730нм
11 Сканер микроэррей SureScan microarray scanner G2600D Исследование профилей экспрессии генов на уровне целого транскриптома 2, 3, 5, 10 мкм

План работы ЦКП

План работы ЦКП формируется на основе поступающих заявок.
Сведения о календарной загрузке научного оборудования можно уточнить у руководителя ЦКП «Биоаналимика».

Сведения о выполненных работах и оказанных услугах

Перечень оборудования ЦКП

Автоматическая станция для разрушения и гомогенизации биообразцов TissueLyser II (Qiagen, Германия, 2010)
Автоматическая станция для выделения ДНК, РНК и белков QIAcube (Qiagen, Германия, 2010)
Амплификатор C1000 Touch с реакционным модулем CFX96 (Bio-Rad, США, 2010)
Генетический анализатор 3500 (AppliedBiosystems, США, 2016)
ИК-Фурье-спектрометр FT-IR Spectrum One (Perkin Elmer Instruments, США, 2005)
Климатическая ростовая камера KBW-240 (Binder, Германия, 2007)
Климатическая ростовая камера KBW 400 (Binder, Германия, 2010) (4 шт)
Климатическая ростовая камера KBW 720 (Binder, Германия, 2010) (6 шт)
Климатическая ростовая камера KBWF 720 (Binder, Германия, 2010) (2 шт)
Климатическая ростовая камера KBWF 24G (Binder, Германия, 2010) (2 шт)
Климатическая ростовая камера MKT-240 (Binder, Германия, 2010) (2 шт)
Климатическая проходная ростовая камера PM-HL2 (CLF PlantClimatics, Германия, 2010)
Климатическая проходная ростовая камера PM-HL3 (CLF PlantClimatics, Германия, 2010)
Микроскоп инвертированный Axio Observer (Carl Zeiss Microscopy, Германия, 2007)
Микроскоп люминесцентный Axiostar Plus (Carl Zeiss Microscopy, Германия, 2008)
Система биобаллистической трансформации PDS 1000/He System (Bio-Rad, США, 2010)
Система для высокоэффективной жидкостной хроматографии Милихром–А02 (Институт хроматографии ЭкоНова, Россия, 2013)
Система капиллярного электрофореза Agilent Technologies G1600AX (Agilent Technologies, США, 2002)
Сканер флуоресцентный Etan DIGE imager (GE Healthcare, Швеция, 2008)
Сканер микроэррей SureScan microarray scanner G2600D (Agilent Technologies, США, 2014)
Спектрофлуориметр RF-5301PC (Shimadzu, Япония, 2006)
Спектрофотометр  УФ-ВИД – S100 (Analitic Jena, Германия, 2002)
Спектрофотометр SmartSpec Plus (Bio-Rad, США, 2010)
Тепловизор компьютерный для исследований в реальном масштабе времени ТКВр-101 (Хелс-Сервис, Россия, 2009)
Ультрацентрифуга DISCOVERY 90SE (Kendro, США, 2005)
Центрифуга ALLEGRA 64R  (Beckman Coulter, США, 2007) (4 шт)
Центрифуга AWANTI J-26 XR с ротором JLA-10/500 (Beckman Coulter, США, 2007)
Центрифуга 5415R (Eppendorf, Германия, 2010)
Центрифужный испаритель Concentrator plus (Eppendorf, Германия, 2010)
Хромато-масс-спектрометр  6890N/5973 MSD (Agilent Technologies, США, 2003)
Хромато-масс-спектрометр тандемный 7890A/7000 QQQ (Agilent Technologies, США, 2010)