Научные интересы

- Генетическая инженерия растений;

- Микроклональное размножение растений;

- Гормональная регуляция роста и развития растений;

- Повышение продуктивности и стрессоустойчивости растений.

- Физиологическая и экологическая генетика;

- Экологический мониторинг и сохранение биологического разнообразия;

- Механизмы регуляции экспрессии генов.

Образование и ученая степень

2003 – 2008 – Иркутский государственный университет, биолого-почвенный факультет; диплом с отличием по специальности «Биология», специализация «Молекулярная биология и биохимия».
2009 – 2011 – Аспирантура при Иркутском государственном университете по специальности 03.02.08 - «Экология»;

2012 - кандидат биологических наук, Иркутский государственный университет.

Повышение квалификации

2009 – «Управление исследовательскими работами в ВУЗе» (Иркутский государственный университет, г. Иркутск).
2019 – «Отраслевые биотехнологии и биоинженерия» (Ярославский государственный университет им. П.Г. Демидова, Ярославль).

Научная-педагогическая работа

2009 – 2011 – Иркутский государственный университет, НИИ биологии, младший научный сотрудник;

2011 – 2012 – Иркутский государственный университет, НИИ биологии, научный сотрудник;

2012 – 2015 – Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН, научный сотрудник;

2015 – настоящее время – Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН, старший научный сотрудник;

2019 – настоящее время – Иркутский государственный университет, кафедра физико-химической биологии, биоинженерии и биоинформатики, доцент.

Преподаваемые дисциплины

- Генная инженерия (ИГУ, бакалавриат);

- Генно-инженериные системы эукариот (ИГУ, магистратура);

- Реконструктивная биоинженерия (ИГУ, магистратура);

- Механизмы морфогенеза (ИГУ, бакалавриат);

- Большой практикум по профилю «Биоинженерия и биоинформатика» (ИГУ, бакалавриат);

Руководство научно-исследовательскими грантами и проектами

2022–2023 – грант РНФ № 22-24-01113 «Молекулярные, биохимические, физиологические и морфологические особенности генетически модифицированного быстрорастущего тополя берлинского» (конкурс МОНГ).

2019–2021 – грант РНФ № 19-76-00033 Президентской программы исследовательских проектов: «Разработка генетически модифицированных высокопродуктивных форм древесных растений для расширения сырьевой базы биорефайнинга».

2016–2018 – Грант РФФИ для поддержки фундаментальных научных исследований, выполняемых молодыми учеными – докторами или кандидатами наук, в научных организациях Российской Федерации № 16-34-60135 мол_а_дк;

2014–2015 – Грант РФФИ № 14-04-31681 «Изучение влияния гиперэкспрессии ключевых генов биосинтеза гиббереллинов на морфогенез и биомассу древесных растений»;

Проект ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» «Поиск эффективных молекулярно-генетических стресс-маркеров для мониторинга и прогнозирования состояния экосистемы оз. Байкал в условиях увеличивающейся антропогенной нагрузки».

Проекты АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы» № 2.1.1/8106 и № 2.2.2.3/15040.

 

Участие в научно-исследовательских грантах и проектах

2023–2024 – грант РНФ № 23-24-00501 «Филогеографическая структура позднекайнозойских реликтов Южной Сибири и их близкородственных видов с различной широтой голарктического распространения как отражение глобальных климатических изменений» (конкурс МОНГ)»;

2016–2018 – Грант РФФИ № 16-05-00783_а «Структура и пространственная организация растительного покрова неморального рефугима на северном макросклоне хребта Хамар-Дабан (Восточная Сибирь)»;

2014–2015 - Грант РФФИ № 14-04-31350: «Оценка генетического полиморфизма неморальных реликтовых растений Южной Сибири на примере Anemone baicalensis (Ranunculaceae) и Waldsteinia ternata (Rosaceae)».

2014–2016 - Грант РФФИ № 14-04-01233_а «Надмолекулярная организация и реорганизация дыхательной цепи митохондрий растений в условиях холодовой адаптации и низкотемпературного стресса».

Другие гранты и проекты (2005-2012):

Гранты Президента РФ для поддержки молодых российских ученых (МК-351.2009.4; МК-4772.2011.4; МД-2063.2012.4);

Проект АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы (2009-2010 гг.)», № 2.1.1/982.;

Проекты ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» (ГК № 14.740.11.0926; ГК № 16.740.11.0607; ГК № 02.740.11.5136; ГК № П622; ГК № П1046; ГК № П1352);

Гранты РФФИ: № 04-04-48738; № 05-04-97263; № 05-04-97239; №06-04-48099; №08-04-10065; № 08-04-00928-а; № 09-04-00398-а; № 10-04-00611-а; № 10-04-92505-ИК-а (совместно с CRDF); № 11-04-91321-СИГ-а (совместно с объединением Гельмгольца); № 11-04-00174-а; № 11-04-10098-к; № 12-04-90039-Бел_а, № 12-04-98065-р_сибирь_а.

Научные стажировки и работа в составе международных научных групп

2012–2013 – Стажировка в институте гидробиологии при Дрезденском техническом университете - TU Dresden, Institute of hydrobiology (г. Дрезден, Германия);

2011–2012 – Стажировка в Центре экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия);

2011 – Стажировка в Университете Северной Каролины (США, Шарлотт) в лаборатории «Physiological mechanisms of environmental adaptation and stress tolerance in marine organisms»;

2010–2011 – Стажировка в Центре экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия);

2009–2010 – Стажировка в Центре экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия);

2008 – Стажировка на базе “Tahoe environmental research center” - California University, Device (США);

2007 – Международная летняя школа «Лимноэкология Байкала» для российских и немецких студентов и аспирантов (Научно-образовательный центр «Байкал», пос. Большие Коты, Иркутская область).

Общественное признание

2023 – Благодарность губернатора Иркутской области;

2021 – Почетная грамота Президиума сибирского отделения РАН;

2017 – Именная стипендия Мэра г. Иркутска в области науки и техники для нужд городского хозяйства;

2016 – Именная стипендия Фонда им. Вернадского для кандидатов наук;

2015 – Стипендия Президента РФ для молодых ученых;

2013 – Премия «Энергия молодости» некоммерческого партнерства «Глобальная энергия»;

2012 – Премия Правительства РФ в области науки и техники для молодых ученых;

2010 – Именная стипендия Губернатора Иркутской области для аспирантов;

2010 – 2011 – Именная стипендия Президента РФ для аспирантов;

2009 – 2010 – Именная стипендия Правительства РФ для аспирантов;

2008 – Именная стипендия Фонда им. Вернадского для студентов;

2007 – 2008 – Именная стипендия Правительства РФ для студентов;

2006 – 2007 – Именная стипендия Совета БПФ ИГУ для студентов;

2005 – 2006 – Именная стипендия Совета БПФ ИГУ для студентов;

2008, 2009, 2010 – премия НОЦ «Байкал» ИГУ за публикации статей в ведущих рецензируемых журналах.

 

Членство в научных сообществах и ассоциациях

 – Общество физиологов растений России;

 – Ассоциации стипендиатов экологического фонда имени В.И. Вернадского;

Список основных научных публикаций

1. Protopopova M., Pavlichenko V., Chepinoga V., Gnutikov A., Adelshin R. (2023) Waldsteinia within Geum s.l. (Rosaceae): main aspects of phylogeny and speciation history. Diversity, 15 (479): 1-30.
2. Protopopova M., Sandanov D., Pavlichenko V., Selyutina I., Stepanov N. (2023) The curious case of Fritillaria sonnikovae (Liliaceae) in South Siberia: new insights into its origin and phylogeny. Diversity, 15 (193): 1-21.
3. Protopopova M., Pavlichenko V. (2022) Eranthis Salisb. (Ranunculaceae) in South Siberia: insights into phylogeography and taxonomy. Diversity, 14 (779): 1-19.
4. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Dudov S.V. (2021) Habitat Distribution Patterns of Nemoral Relict Plant Species on the Khamar-Daban Ridge (the South of Eastern Siberia) according to Grid Mapping Data. Russian Journal of Ecology. 52 (3): 212-222.
5. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2021) Kanamycin application features for the selective screening of genetically modified Populus X berolinensis. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 839: 042020.
6. Protopopova M.V., Shvetsova N.A., Pavlichenko V.V. (2021) The perspectives for DNA barcoding of Rhaponticum carthamoides (Willd.) Iljin using rbcL gene sequence. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 908 (012030): 1-7.
7. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V. (2021) Phylogeographical patterns based on trnH-psbA plastid DNA shed light on evolution within Waldsteinia (Rosaceae). IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 908 (012027): 1-8.
8. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Luckenbach T. (2020) Changes of cellular stress response related hsp70 and abcb1 transcript and Hsp70 protein levels in Siberian freshwater amphipods upon exposure to cadmium chloride in the lethal concentration range. PeerJ, 8: e8635.
9. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V., Chepinoga V.V. (2020) IAPT chromosome data 32/8. In: Marhold, K. & Kučera, J. (eds.) & al., IAPT chromosome data 32. Taxon, 69(5): 1130, E13–E14.
10. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Voinikov V.K. (2020)  A comparative study of the various light sources regenerative potential using Populus berolinensis root explants as an example. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 548 (062093): 1-6.
11. Protopopova M., Pavlichenko V., Gnutikov A., Chepinoga V. (2019) DNA Barcoding of Waldsteinia Willd. (Rosaceae) Species Based on ITS and trnH-psbA Nucleotide Sequences. In: Bychkov I., Voronin V. (eds) Information Technologies in the Research of Biodiversity. Springer Proceedings in Earth and Environmental Sciences. Cham: Springer Nature Switzerland: 107–115.
12. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Орлова Д.А., Чепинога В.В. (2019) Филогеографическая структура Anemone baicalensis (Ranunculaceae) на основе полиморфизма пластидной ДНК (trnL-trnF) подтверждает существование плейстоценовых микрорефугиумов на хр. Хамар-Дабан. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 30: 3–15.
13. Чепинога В.В., Степанов Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В. (2019) О распространении Вальдштейнии тройчатой (Waldsteinia ternata, Rosaceae) в Западном Саяне. Ботанический журнал, 104 (8): 1203–1210.
14. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2018) IAPT chromosome data 28. Taxon, 67 (6): 1236–1237 (E7–E9).
15. Чепинога В.В., Степанцова Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.В., Арбузова Г.А., Скорнякова А.М. (2018) Флористические находки на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 41–53.
16. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Войников В.К. (2018) Результаты пятилетнего лабораторного культивирования растений тополя берлинского, генетически модифицированных генами uidA и nptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 3–14.
17. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V. (2017) Detection of the Most Probable Pleistocene Microrefugia on the Northern Macroslope of the Khamar-Daban Ridge (Southern Prebaikalia). Contemporary Problems of Ecology, 10 (1): 38–42.
18. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Chepinoga V.V., Konovalov A.D., Zolotovskaya E.D., Pavlichenko V.V. (2017) IAPT/IOPB chromosome data 26. Taxon, 66 (6): 1488-1489.
19. Faria M., Pavlichenko V., Burkhardt-Medicke K., Soares A. M.V.M., Altenburger R., Barata C., Luckenbach T. (2016) Use of a combined effect model approach for discriminating between ABCB1- and ABCC1-type efflux activities in native bivalve gill tissue. Toxicology and Applied Pharmacology, 297: 56-67.
20. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2016) IAPT/IOPB chromosome data 22. Taxon, 65 (5): 1201.
21. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Коновалов А.Д., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М, Чепинога В.В. (2016) Перспективы использования внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS1 и ITS2) для идентификации редких видов растений на примере рода Waldsteinia (Rosaceae). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 5–11.
22. Чепинога В.В. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.М. (2016) К распространению неморальных видов растений на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 30–37.
23. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Байрамова Э.М., Золотовская Е.Д., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Различная устойчивость к канамицину трансгенных клонов Populus ×berolinensis экспрессирующих ген NptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 18: 3–12.
24. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Изучение влияния различных цитокининов на эффективность образования регенерантов при микроклональном размножении тополя берлинского (Populus berolinensis Dipp.). Известия вузов. Прикладная химия и биотехнология, 6 (4): 164–168.
25. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Люкенбах Т. (2016) Может ли повышенное содержания растворенных гуминовых веществ в водоемах ограничивать распространение эндемичных видов за пределы озера Байкал? Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 15: 89–93.
26. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Люкенбах Т. (2016) Использование RACE ПЦР для получения частичной последовательности, кодирующей Abcb-подобный белок у Gammarus lacustris (Sars, 1863). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 16: 90–93.
27. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Timofeyev M.A., Luckenbach T. (2015) Identification of a putatively multixenobiotic resistance related Abcb1 transporter in amphipod species endemic to the highly pristine Lake Baikal. Environmental science and pollution research, 22 (7): 5453-5468.  
28. Чепинога В.В., Мишина А.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Быстров С.О., Вилор М.А. (2015) Новые данные о распространении некоторых неморальных реликтовых растений в предгорьях хребта Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье). Ботанический журнал, 100 (5): 478–489.
29. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гнутиков А.А., Адельшин Р.В., Чепинога В.В. (2015) Использование генетических маркеров для оценки состояния реликтовых видов растений Байкальской Сибири. Вестник РУДН. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности, 4: 28-36.
30. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Menzel R., Putschew A., Luckenbach T., Steinberg C. E.W. (2014) Contrasting cellular stress responses of Baikalian and Palearctic amphipods upon exposure to humic substances: environmental implications. Environmental science and pollution research, 21 (24): 14124-14137.
31. Bedulina D.S., Evgen’ev M.B., Timofeyev M.A., Protopopova M.V., Garbuz D.G., Pavlichenko V.V., Luckenbach T., Shatilina Z.M., Axenov-Gribanov D.V., Gurkov A.V., Sokolova I. M. Zatsepina O.G. (2013) Expression patterns and organization of the hsp70 genes correlate with 2 thermotolerance in two congener endemic amphipod species (Eulimnogammarus cyaneus and E. verrucosus) from Lake Baikal. Molecular Ecology, 22: 1416–1430.
32. Shatilina Z.M., Riss H.W., Protopopova M.V., Trippe M., Meyer E.I., Pavlichenko V.V., Bedulina D.S., Axenov-Gribanov D.V., Timofeyev M.A. (2011) The role of the heat shock proteins (HSP70 and sHSP) in the thermotolerance of freshwater amphipods from contrasting habitats. Journal of thermal biology, 36 (2): 142 – 149.
33. Shatilina Zh.M., Pobezhimova T.P., Grabel’nykh O.I., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Timofeev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palearctic Gammarus lacustris Sars. I. HSP70 family. Contemporary Problems of Ecology, 3 (1): 41-49.
34. Shatilina Zh.M., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Pobezhimova T.P., Grabelnykh O.I., Timofeyev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palaearctic Gammarus lacustris Sars II. Small HSP family. Contemporary Problems of Ecology, 3(4): 449-456.
35. Shatilina Zh.M., Gubanov M.V., Zadereev E.S., Pavlichenko V.V., Axenov-Gribanov D.V., Sapozhnikova E.A., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Timofeyev M.A. (2010) Comparative study of thermoresistances’ cellular mechanisms in representatives of the Gammarus lacustris Sars populations inhabiting Saline Lake Shira (Republic of Khakassia) and a fresh water body in the Cis-Baikal region. Doklady Biological Sciences, 434 (6): 846–849.
36. Timofeyev M.A., Protopopova M., Pavlichenko V., Steinberg C.E.W. (2009) Can acclimation of amphipods change their antioxidative response? Aquatic Ecology, 43: 1041–1045.
37. Timoveyev M.A., Shatilina Zh.M., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Pavlichenko V.V., Kolesnichenko A.V., Steinberg C.E.W. (2009) Thermal stress defense in freshwater amphipods from contrasting habitats with emphasis on small heat shock proteins (sHSPs). Journal of Thermal Biology, 34: 281–285.
38. Timofeyev M., Shatilina Zh., Bedulina D., Protopopova M., Pavlichenko V., Grabelnych O., Kolesnichenko A. (2008) Evaluation of biochemical responses in Palearctic and Lake Baikal' endemic amphipod species exposed to CdCl₂. Ecotoxicology and Environmental Safety, 70: 99–105.

Область научных интересов

– неморальные реликты Южной Сибири (растения) и их филогенетические связи;

– влияние глобальных климатических изменений на филогеографическую структуру модельных видов и их видовых комплексов;

– молекулярная идентификация редких и хозяйственно ценных растений (ДНК-штрихкодирование);

– разработка подходов по сохранению биологического разнообразия с использованием молекулярно-генетических методов;

– генетическая инженерия и создание растений с заданными свойствами.

 

Образование и ученая степень

2002 – 2007 – Иркутский государственный университет, биолого-почвенный факультет; специальность «Физиология», специализация «Физико-химическая биология», диплом с отличием;
2007 – 2010 – Иркутский государственный университет, аспирантура;
2011 – кандидат биологических наук, Сибирский федеральный университет (г. Красноярск).

 

Повышение квалификации

2025 – «ДНК баркодинг. От организма к сообществам» (Иркутский государственный университет, ЛИН СО РАН, г. Иркутск);

2021 – «Химия и экологический мониторинг окружающей среды» (Иркутский государственный университет, г. Иркутск);

2019 – «Отраслевые биотехнологии и биоинженерия» (Ярославский государственный университет им. П.Г. Демидова, Ярославль);

2015 – «Развитие научных знаний в области экологии как средство достижения целей устойчивого развития» (Экологический факультет РУДН, Москва);

2009 – «Управление исследовательскими работами в ВУЗе» (Иркутский государственный университет, г. Иркутск).

 

Научно-педагогическая работа

Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН (СИФИБР СО РАН):

2025 – настоящее время – отдел ЦКП «Биоаналитика», ведущий специалист;

2012 – настоящее время – лаборатория физиологической генетики, научный (до 2015 г.), затем старший научный сотрудник.

Иркутский государственный университет (ИГУ):

2019 – настоящее время – кафедра физико-химической биологии, биоинженерии и биоинформатики, доцент;

2009 – 2012 – НИИ биологии ИГУ, младший (до 2012 г.), затем старший научный сотрудник;

2008 – 2009 – Научно-исследовательская часть ИГУ, младший научный сотрудник.

Иркутский национальный исследовательский технический университет (ИРНИТУ):

2020 – настоящее время – кафедра химии и биотехнологии им. профессора В.В. Тутуриной, ГПХ на проведение учебной работы.

 

Преподаваемые дисциплины

- Молекулярная биология клетки (ИГУ, бакалавриат, специалитет);

- Большой практикум по профилю «Физико-химическая биология и биотехнология» (ИГУ, бакалавриат);

- Молекулярно-генетическая идентификация и экспертиза (ИГУ, бакалавриат);

- Механизмы регулируемой клеточной гибели (ИГУ, магистратура, специалитет);

- Регуляция внутриклеточных процессов (ИГУ, магистратура).

- Биохимия и молекулярная биология (ИРНИТУ, бакалавриат);

- Генетическая и клеточная инженерия (ИРНИТУ, бакалавриат);

- Основы биоинженерии (ИРНИТУ, магистратура);

 

Отечественные гранты и программы

Руководство:

2023–2024 – грант РНФ № 23-24-00501: «Филогеографическая структура позднекайнозойских реликтов Южной Сибири и их близкородственных видов с различной широтой голарктического распространения как отражение глобальных климатических изменений»;

2017–2019 – грант РНФ № 17-74-10074 Президентской программы исследовательских проектов: «Оценка последствий климатических изменений и техногенных воздействий на реликтовые виды растений и биоценозы Сибири и Дальнего Востока с использованием современных молекулярно-генетических подходов»;

2014–2015 – грант РФФИ № 14-04-31350: «Оценка генетического полиморфизма неморальных реликтовых растений Южной Сибири на примере Anemone baicalensis (Ranunculaceae) и Waldsteinia ternata (Rosaceae)»;

2009–2010 – проект ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» (№ ГК - П622): «Изучение возможности и особенностей применения универсальных молекулярно-биохимических стресс-маркеров для оценки неблагоприятных воздействий на экосистему оз. Байкал»;

2008–2012 – проекты АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы», РНП 2.2.2.3/15045, РНП 2.1.1/8115, РНП 2.2.2.3.16116;

2008 – грант для поддержки научно-исследовательской работы аспирантов и молодых сотрудников ИГУ.

Участие:

2024–2025 – грант РНФ № 24-24-00418: «Роль протекторных белков дегидринов в формировании устойчивости к засухе, холоду и тяжелым металлам у трансгенных растений тополя»;

2022–2023 – грант РНФ № 22-24-01113: «Молекулярные, биохимические, физиологические и морфологические особенности генетически модифицированного быстрорастущего тополя берлинского»;

2016–2018 – грант РФФИ № 16-05-00783: «Структура и пространственная организация растительного покрова неморального рефугима на северном макросклоне хребта Хамар-Дабан (Восточная Сибирь)»;

2014–2016 – грант РФФИ № 14-04-3168: «Надмолекулярная организация и реорганизация дыхательной цепи митохондрий растений в условиях холодовой адаптации и низкотемпературного стресса»;

2014–2015 – грант РФФИ № 14-04-3168: «Изучение влияния гиперэкспрессии ключевых генов биосинтеза гиббереллинов на морфогенез и биомассу древесных растений».

Другие гранты  и проекты (2005-2012):

– гранты Президента РФ для поддержки молодых российских ученых (МК-351.2009.4; МК-4772.2011.4; МД-2063.2012.4);

– проекты ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» (№ ГК - П1710; П1046; 14.740.11.0502, 14.740.11.0926, 16.740.11.0607, 02.740.11.5136, П1352);

– проект АВЦП «Развитие  научного потенциала высшей школы (2009-2010 гг.)», № 2.1.1/982;

– гранты РФФИ: 08-04-10065; 06-04-48099; 05-04-97263; 05-04-97239; 10-04-00611-а; 10-04-92505-ИК-а (совместно с CRDF); 11-04-91321-СИГ-а (совместно с объединением Гельмгольца), 11-04-10098-к; 11-04-00174-а.

 

Зарубежные научные стажировки и работа в составе международных групп

2005, 2007 – Международная научно-образовательная экологическая программа для американский студентов Wellesley college (США) на оз. Байкал (пос. Большие Коты, Иркутская обл.);

2007 – Международная летняя школа «Лимноэкология Байкала» для российских и немецких студентов и аспирантов (Научно-образовательный центр «Байкал», пос. Большие Коты, Иркутская область);

2008–2009 – Институт биологии Берлинского университета имени Гумбольдта (Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD);

2009–2010 – Институт биологии Берлинского университета имени Гумбольдта (Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD);

2010–2011 – Институт биологии Берлинского университета имени Гумбольдта (Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией «Эразмус Мундус: окно в Европейское Сотрудничество»;

2011–2012 – Центр экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD);

2012–2013 – Центр экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD).

 

Общественное признание

2007 – именная стипендия Президента РФ для студентов за успехи в научно-исследовательской работе;

2007 – именная стипендия неправительственного экологического Фонда им. В.И. Вернадского для студентов за успехи в научной деятельности и в пропаганде научного наследия В.И. Вернадского;

2008 – 2011 – ежегодная премия НОЦ «Байкал» ИГУ за публикации статей в ведущих рецензируемых журналах;

2008 – именная стипендия Правительства РФ для аспирантов за успехи в научно-исследовательской работе;

2010 – именная стипендия Губернатора Иркутской области для аспирантов за успехи в научно-исследовательской работе;

2013 – премии Правительства РФ в области науки и техники для молодых ученых;

2013 – премия «Энергия молодости» за проект в области энергетики некоммерческого партнерства «Глобальная энергия»;

2016 – именная стипендия неправительственного экологического Фонда им. В.И. Вернадского для кандидатов наук за успехи в научной деятельности;

2019 – именная стипендия мэра г. Иркутска в области науки и техники для нужд городского хозяйства;

2021 – Почетная грамота Президиума сибирского отделения РАН.

2023 – Лауреат областного конкурса в сфере науки и техники в номинации «За значительный вклад в развитие науки и техники и решение социально-экономических проблем Иркутской области».

 

Членство в научных сообществах и ассоциациях

– Общество физиологов растений России;

– Вавиловское общество генетиков и селекционеров;

– Ассоциации стипендиатов экологического фонда имени В.И. Вернадского.

Список основных публикаций

1. Protopopova M., Nelyubina P., Pavlichenko V. (2025) Current Phylogeographic Structure of Anemone altaica (Ranunculaceae) on the Khamar-Daban Ridge Reflects Quaternary Climate Change in Baikal Siberia. Quaternary, 8(2), 20: 1–25.
2. Krivenko D.A., Barsukova I.N., Chepinoga V.V., Gnutikov A.A., Gudkova P.D., Leonova T.V., Myakoshina Y.A., Olonova M.V., Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2025) Botanica Pacifica plant chromosome data 4. Botanica Pacifica, 14(1): 187–194.
3. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2025) Kanamycin-induced growth suppression of fast-growing transgenic poplar carrying the nptII gene. BIO Web of Conferences, 160 (02035): 1–7.
4. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2024) Simplified Method for Agrobacterium-Mediated Genetic Transformation of Populus x berolinensis K. Koch. Methods and protocols, 7(1), 12: 1–13.
5. Павличенко В.В., Протопопова М.В. (2024) Получение и первичная оценка фенотипа тополя берлинского, трансформированного геном AtGA20ox1. Физиология растений, 71(2): 228-242.
6. Гамова Н.С., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Коротков Ю.Н. (2024) Первая достоверная находка Galium odoratum (L.) Scop. и новые местонахождения Galium paradoxum Maxim. в республике Бурятия. Труды Карельского научного центра РАН, 1: 114-123.
7. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2023) Selection of the optimal concentration of indole-3-butyric acid (IBA) in the nutrient medium for effective micropropagation of Populus berolinensis. E3S Web of Conferences, 463 (01032): 1-6.
8. Protopopova M., Pavlichenko V., Chepinoga V., Gnutikov A., Adelshin R. (2023) Waldsteinia within Geum s.l. (Rosaceae): main aspects of phylogeny and speciation history. Diversity, 15(4), 479: 1-30.
9. Protopopova M., Sandanov D., Pavlichenko V., Selyutina I., Stepanov N. (2023) The curious case of Fritillaria sonnikovae (Liliaceae) in South Siberia: new insights into its origin and phylogeny. Diversity, 15(2), 193: 1-21.
10. Protopopova M., Pavlichenko V. (2022) Eranthis Salisb. (Ranunculaceae) in South Siberia: insights into phylogeography and taxonomy. Diversity, 14(10), 779: 1-19.
11. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Dudov S.V. (2021) Habitat Distribution Patterns of Nemoral Relict Plant Species on the Khamar-Daban Ridge (the South of Eastern Siberia) according to Grid Mapping Data. Russian Journal of Ecology, 52 (3): 212-222.
12. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2021) Kanamycin application features for the selective screening of genetically modified Populus X berolinensis. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 839, 042020.
13. Protopopova M.V., Shvetsova N.A., Pavlichenko V.V. (2021) The perspectives for DNA barcoding of Rhaponticum carthamoides (Willd.) Iljin using rbcL gene sequence. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 908, 012030: 1-7.
14. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V. (2021) Phylogeographical patterns based on trnH-psbA plastid DNA shed light on evolution within Waldsteinia (Rosaceae). IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 908, 012027: 1-8.
15. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Luckenbach T. (2020) Changes of cellular stress response related hsp70 and abcb1 transcript and Hsp70 protein levels in Siberian freshwater amphipods upon exposure to cadmium chloride in the lethal concentration range. PeerJ, 8: e8635.
16. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V., Chepinoga V.V. (2020) IAPT chromosome data 32/8. In: Marhold, K. & Kučera, J. (eds.) & al., IAPT chromosome data 32. Taxon, 69(5): 1130, E13–E14.
17. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Voinikov V.K. (2020) A comparative study of the various light sources regenerative potential using Populus berolinensis root explants as an example.  IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 548: 062093:1–6.
18. Protopopova M., Pavlichenko V., Gnutikov A., Chepinoga V. (2019) DNA Barcoding of Waldsteinia Willd. (Rosaceae) Species Based on ITS and trnH-psbA Nucleotide Sequences. In: Bychkov I., Voronin V. (eds) Information Technologies in the Research of Biodiversity. Springer Proceedings in Earth and Environmental Sciences. Cham: Springer Nature Switzerland: 107–115.
19. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Орлова Д.А., Чепинога В.В. (2019) Филогеографическая структура Anemone baicalensis (Ranunculaceae) на основе полиморфизма пластидной ДНК (trnL-trnF) подтверждает существование плейстоценовых микрорефугиумов на хр. Хамар-Дабан. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 30: 3–15.
20. Чепинога В.В., Степанов Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В. (2019) О распространении Вальдштейнии тройчатой (Waldsteinia ternata, Rosaceae) в Западном Саяне. Ботанический журнал, 104 (8): 1203–1210.
21. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2018) IAPT chromosome data 28. Taxon, 67 (6): 1236–1237, E7–E9.
22. Чепинога В.В., Степанцова Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.В., Арбузова Г.А., Скорнякова А.М. (2018) Флористические находки на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 41 –53.
23. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Войников В.К. (2018) Результаты пятилетнего лабораторного культивирования растений тополя берлинского, генетически модифицированных генами uidA и nptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 3–14.
24. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V. (2017) Detection of the Most Probable Pleistocene Microrefugia on the Northern Macroslope of the Khamar-Daban Ridge (Southern Prebaikalia). Contemporary Problems of Ecology, 10 (1): 38–42.
25. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Chepinoga V.V., Konovalov A.D., Zolotovskaya E.D., Pavlichenko V. V. (2017) IAPT/IOPB chromosome data 26. Taxon, 66 (6): 1488–1489, E6-E8.
26. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2016) IAPT/IOPB chromosome data 22. Taxon, 65 (5): 1201, E7-E8.
27. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Коновалов А.Д., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М, Чепинога В.В. (2016) Перспективы использования внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS1 и ITS2) для идентификации редких видов растений на примере рода Waldsteinia (Rosaceae). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 5–11.
28. Чепинога В.В. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.М. (2016) К распространению неморальных видов растений на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 30–37.
29. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Байрамова Э.М., Золотовская Е.Д., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Различная устойчивость к канамицину трансгенных клонов Populus ×berolinensis экспрессирующих ген NptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 18: 3–12.
30. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Изучение влияния различных цитокининов на эффективность образования регенерантов при микроклональном размножении тополя берлинского (Populus berolinensis Dipp.). Известия вузов. Прикладная химия и биотехнология, 6 (4): 164–168.
31. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Люкенбах Т. (2016) Может ли повышенное содержания растворенных гуминовых веществ в водоемах ограничивать распространение эндемичных видов за пределы озера Байкал? Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 15: 89–93.
32. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Люкенбах Т. (2016) Использование RACE ПЦР для получения частичной последовательности, кодирующей Abcb-подобный белок у Gammarus lacustris (Sars, 1863). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 16: 90–93.
33. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Timofeyev M.A., Luckenbach T. (2015) Identification of a putatively multixenobiotic resistance related Abcb1 transporter in amphipod species endemic to the highly pristine Lake Baikal. Environmental science and pollution research, 22 (7): 5453–5468.
34. Чепинога В.В., Мишина А.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Быстров С.О., Вилор М.А. (2015) Новые данные о распространении некоторых неморальных реликтовых растений в предгорьях хребта Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье). Ботанический журнал, 100 (5): 478–489.
35. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гнутиков А.А., Адельшин Р.В., Чепинога В.В. (2015) Использование генетических маркеров для оценки состояния реликтовых видов растений Байкальской Сибири. Вестник РУДН. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности, 4: 28-36.
36. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Menzel R., Putschew A., Luckenbach T., Steinberg C.E.W. (2014) Contrasting cellular stress responses of Baikalian and Palearctic amphipods upon exposure to humic substances: environmental implications. Environmental science and pollution research, 21 (24): 14124-14137.
37. Bedulina D.S., Evgen’ev M.B., Timofeyev M.A., Protopopova M.V., Garbuz D.G., Pavlichenko V.V., Luckenbach T., Shatilina Z.M., Axenov-Gribanov D.V., Gurkov A.V., Sokolova I. M. Zatsepina O.G. (2013) Expression patterns and organization of the hsp70 genes correlate with thermotolerance in two congener endemic amphipod species (Eulimnogammarus cyaneus and E. verrucosus) from Lake Baikal.  Molecular Ecology, 22: 1416–1430.
38. Shatilina Z.M., Riss H.W., Protopopova M.V., Trippe M., Meyer E.I., Pavlichenko V.V., Bedulina D.S., Axenov-Gribanov D.V., Timofeyev M.A. (2011) The role of the heat shock proteins (HSP70 and sHSP) in the thermotolerance of freshwater amphipods from contrasting habitats. Journal of thermal biology, 36 (2): 142 – 149.
39. Protopopova M.V., Takhteev V.V., Shatilina Zh.M., Pavlichenko V.V., Axenov-Gribanov D.V., Bedulina D.S., Timofeyev M.A. (2011) Small HSPs molecular weights as new indication to the hypothesis of segregated status of thermophilic relict Gmelinoides fasciatus among Baikal and Palearctic amphipods. Journal of Stress Physiology & Biochemistry, 7 (2): 175–182.
40. Shatilina Zh.M., Pobezhimova T.P., Grabel’nykh O.I., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Timofeev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palearctic Gammarus lacustris Sars. I. HSP70 family. Contemporary Problems of Ecology, 3 (1): 41–49.
41. Shatilina Zh.M., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Pobezhimova T.P., Grabelnykh O.I., Timofeyev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palaearctic Gammarus lacustris Sars II. Small HSP family. Contemporary Problems of Ecology, 3 (4): 449–456.
42. Shatilina Zh.M., Gubanov M.V., Zadereev E.S., Pavlichenko V.V., Axenov-Gribanov D.V., Sapozhnikova E.A., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Timofeyev M.A. (2010) Comparative study of thermoresistances’ cellular mechanisms in representatives of the Gammarus lacustris Sars populations inhabiting Saline Lake Shira (Republic of Khakassia) and a fresh water body in the Cis-Baikal region. Doklady Biological Sciences, 434 (1): 359–362.
43. Timofeyev M.A., Protopopova M., Pavlichenko V., Steinberg C.E.W. (2009) Can acclimation of amphipods change their antioxidative response? Aquatic Ecology, 43: 1041–1045.
44. Timoveyev M.A., Shatilina Zh.M., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Pavlichenko V.V., Kolesnichenko A.V., Steinberg C.E.W. (2009) Thermal stress defense in freshwater amphipods from contrasting habitats with emphasis on small heat shock proteins (sHSPs). Journal of Thermal Biology, 34: 281–285.
45. Timofeyev M., Shatilina Zh., Bedulina D., Protopopova M., Pavlichenko V., Grabelnych O., Kolesnichenko A. (2008) Evaluation of biochemical responses in Palearctic and Lake Baikal' endemic amphipod species exposed to CdCl₂. Ecotoxicology and Environmental Safety, 70: 99–105.
46. Timofeyev M.A., Shatilina Zh.M., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Kolesnichenko A.V. (2008) Application of heat shock proteins as stress markers in aquatic organisms using endemic Baikal amphipods as an example. Applied biochemistry and microbiology, 44 (3): 310–313.
47. Колесниченко А.В., Тимофеев М.А., Протопопова М.В. (2008) Токсичность наноматериалов – 15 лет исследований. Российские нанотехнологии, 3 (3-4): 54 – 61.
48. Шатилина Ж.М., Бедулина Д.С., Протопопова М.В. (2005) Участие низкомолекулярных БТШ в механизмах клеточной защиты, активизирующихся при интоксикации солями кадмия. Вестник Российского государственного медицинского университета, 3 (42): 195.

Чернышева Ольга Александровна – старший научный сотрудник лаборатории природных и антропогенных экосистем, кандидат биологических наук.

Краткая биография

В 2007 г. окончила Иркутский государственный педагогический университет. В 2007–2010 гг. – прошла обучение в очной аспирантуре под руководством д.б.н. проф. А.С. Плешанова и к.б.н. А.В. Верхозиной в СИФИБР СО РАН (г. Иркутск). В этом же институте с декабря 2010 г. работала на должности младшего научного сотрудника. В феврале 2012 г. защитила кандидатскую диссертацию на тему: «Особенности современного распространения реликтовых сосудистых растений в Верхнем Приангарье». С 2018–2019 гг. руководила грантом: «Эколого-биологическое, морфологическое, молекулярно-генетическое изучение видов рода Tulipa подрода Orithyia в Восточной Сибири», РФФИ, 18-34-00551. В 2021 г. переведена на должность научного сотрудника, а в 2022 г. на должность старшего научного сотрудника. В 2023 г. прошла курсы повышения квалификации в ФГБОУ ВО «Алтайский государственный университет» по дополнительной образовательной программе «Проточная цитометрия и молекулярная филогения растений» Удостоверение № 223102608652. С 2025 г. руководит проектом РНФ № 25-26-00091 «Изучение раннецветущих луковичных растений (роды Fritillаria, Lilium, Tulipa) Байкальской Сибири с целью сохранения и широкого использования в цветоводстве».

Область научных интересов

изучение закономерностей территориального размещения, экология, биология, морфология, молекулярные исследования и охрана реликтовых сосудистых растений Байкальского региона.

Основные публикации за последние пять лет

1. Чернышева О. А. Проблемы сохранения редких видов растений и растительных сообществ на Байкальской природной территории / О.А. Чернышева, А.А. Антипина, О.Ю. Завгородняя, Д.А. Кривенко // Безопасность России. Правовые, социально-экономические и научно технические аспекты. Региональные проблемы безопасности. Сибирский федеральный округ. Кузбасс. Енисей. Байкал. Раздел II. Глава 11 Территориальные риски Байкальского региона. С. 439–444. ISBN 978-5-87633-207-3.
2. Чернышева О.А. Сохранение реликтовых сосудистых растений в Приангарских степных ландшафтах Байкальского региона (Иркутская область) // Сборник «Степи Северной Евразии»: материалы X международного симпозиума (Оренбург, 27–31 мая 2024 г.). – Оренбург: ИС УрО РАН, 2024. – С. 1474–1477. DOI: 10.24412/cl-37200-2024-1474-1477
3. Воронин В.И., Верхозина А.В., Михайлова Т.А., Морозова Т.И., Осколков В.А., Сизых А.П., Кривенко Д.А., Казановский С.Г., Рудиковский А.В., Калугина О.В., Егорова И.Н., Шергина О.В., Чернышева О.А., Антонов И.А. Исследования Сибирского института физиологии и биохимии растений СО РАН в области биоразнообразия и лесной экологии // География и природные ресурсы. – 2024. Т. 45, № 3. – С. 47–61. DOI: 10.15372/GIPR20240305.
4. Chernysheva O.A., Bukin Y.S., N.V. Kulakova, Mitrenina E.Yu., Murashko V.V., Khadeeva E.R., A.S. Erst, Krivenko D.A. How many species of tulips of the subgenus Orithyia (Tulipa, Liliaceae) are in Southern Siberia? // Botanica Pacifica. A journal of plant science and conservation. 2023. 12(1). DOI: 10.17581/bp.2023.12104.
5. Чернышева О.А., Миронова А.С., Русинек О.Т. Памяти А. С. Плешанова (1941–2011) // Энтомологическое обозрение. 2021. Т. 100. Вып. 4. С. 946-952. DOI: 10.31857/S036714452104016X.
6. Mitrenina E. Yu., Erst A. S., Skaptsov M. V., Leonova T. V., Veklich T. N., Chernysheva O. A., Luferov A. N., Wang W. Karyotypes and genome size of Adonis amurensis and Adonis apennina (Ranunculaceae) from Asian Russia // Ukrainian Journal of Ecology. 2021. 11(1), 163–170. DOI: 10.15421/2021_24.
7. Mitrenina E. Yu., Erst A. S., Skaptsov M. V., Veklich T. N., Chernysheva O. A., Kutsev M. G., Kuznetsov A. A. Cytogenetic characteristics of some Trollius L. species (Ranunculaceae) from Asian Russia // Ukrainian Journal of Ecology. 2020. Vol. 10, No. 6. P. 2020, 321–328. DOI: 10.15421/2020_300.
8. Erst A. S., Mitrenina E. Yu., Krivenko D. A., Ikeda H., Peruzzi L., Pinzani L., Aytaç Z., Tashev A., Chernysheva O. A., Veklich T. N., Leonova T. V., Potseluev O. M., Lian L., Wang W. IAPT chromosome data 33/5 // Taxon. 2020. Vol. 69. No. 6. P. 1130. – DOI: 10.1002/tax.12322.
9. Verkhozina A. V., Chernysheva O. A., Ebel A. L., Erst A. S., Dorofeev N. V., Dorofeev V. I., Grebenjuk A. V., Grigorjevskaja A. Ya., Guseinova Z. A., Ivanova A. V., Khapugin A. A., Korolyuk A. Yu., Korznikov K. A., Kuzmin I. V., Mallaliev M. M., Murashko V. V., Murtazaliev R. A., Popova K. B., Safronova I. N., Saksonov S. V., Sarajeva L. I., Senator S. A., Troshkina V. I., Vasjukov V. M., Wang W., Xiang K., Zibzeev E. G., Zolotov D. V., Zykova E. Yu., Krivenko D. A. Findings to the flora of Russia and adjacent countries: New national and regional vascular plant records, 2 // Botanica Pacifica. A journal of plant science and conservation. 2020. 9(1): 139–154. DOI: 10.17581/bp.2020.09115.
10. Erst A. S., Sukhorukov A. P., Mitrenina E. Yu., Skaptsov M. V., Kostikova V. A., Chernisheva O. A., Troshkina V., Kushunina M., Krivenko D. A., Ikeda H., Xiang K., Wang W. An integrative taxonomic approach reveals a new species of Eranthis (Ranunculaceae) in North Asia // PhytoКeys. 2020. Vol. 140. P. 75–100. DOI: 10.3897/phytokeys.140.49048.