Область научных интересов

– неморальные реликты Южной Сибири (растения) и их филогенетические связи;

– влияние глобальных климатических изменений на филогеографическую структуру модельных видов и их видовых комплексов;

– молекулярная идентификация редких и хозяйственно ценных растений (ДНК-штрихкодирование);

– разработка подходов по сохранению биологического разнообразия с использованием молекулярно-генетических методов;

– генетическая инженерия и создание растений с заданными свойствами.

 

Образование и ученая степень

2002 – 2007 – Иркутский государственный университет, биолого-почвенный факультет; специальность «Физиология», специализация «Физико-химическая биология», диплом с отличием;
2007 – 2010 – Иркутский государственный университет, аспирантура;
2011 – кандидат биологических наук, Сибирский федеральный университет (г. Красноярск).

 

Повышение квалификации

2025 – «ДНК баркодинг. От организма к сообществам» (Иркутский государственный университет, ЛИН СО РАН, г. Иркутск);

2021 – «Химия и экологический мониторинг окружающей среды» (Иркутский государственный университет, г. Иркутск);

2019 – «Отраслевые биотехнологии и биоинженерия» (Ярославский государственный университет им. П.Г. Демидова, Ярославль);

2015 – «Развитие научных знаний в области экологии как средство достижения целей устойчивого развития» (Экологический факультет РУДН, Москва);

2009 – «Управление исследовательскими работами в ВУЗе» (Иркутский государственный университет, г. Иркутск).

 

Научно-педагогическая работа

Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН (СИФИБР СО РАН):

2025 – настоящее время – отдел ЦКП «Биоаналитика», ведущий специалист;

2012 – настоящее время – лаборатория физиологической генетики, научный (до 2015 г.), затем старший научный сотрудник.

Иркутский государственный университет (ИГУ):

2019 – настоящее время – кафедра физико-химической биологии, биоинженерии и биоинформатики, доцент;

2009 – 2012 – НИИ биологии ИГУ, младший (до 2012 г.), затем старший научный сотрудник;

2008 – 2009 – Научно-исследовательская часть ИГУ, младший научный сотрудник.

Иркутский национальный исследовательский технический университет (ИРНИТУ):

2020 – настоящее время – кафедра химии и биотехнологии им. профессора В.В. Тутуриной, ГПХ на проведение учебной работы.

 

Преподаваемые дисциплины

- Молекулярная биология клетки (ИГУ, бакалавриат, специалитет);

- Большой практикум по профилю «Физико-химическая биология и биотехнология» (ИГУ, бакалавриат);

- Молекулярно-генетическая идентификация и экспертиза (ИГУ, бакалавриат);

- Механизмы регулируемой клеточной гибели (ИГУ, магистратура, специалитет);

- Регуляция внутриклеточных процессов (ИГУ, магистратура).

- Биохимия и молекулярная биология (ИРНИТУ, бакалавриат);

- Генетическая и клеточная инженерия (ИРНИТУ, бакалавриат);

- Основы биоинженерии (ИРНИТУ, магистратура);

 

Отечественные гранты и программы

Руководство:

2023–2024 – грант РНФ № 23-24-00501: «Филогеографическая структура позднекайнозойских реликтов Южной Сибири и их близкородственных видов с различной широтой голарктического распространения как отражение глобальных климатических изменений»;

2017–2019 – грант РНФ № 17-74-10074 Президентской программы исследовательских проектов: «Оценка последствий климатических изменений и техногенных воздействий на реликтовые виды растений и биоценозы Сибири и Дальнего Востока с использованием современных молекулярно-генетических подходов»;

2014–2015 – грант РФФИ № 14-04-31350: «Оценка генетического полиморфизма неморальных реликтовых растений Южной Сибири на примере Anemone baicalensis (Ranunculaceae) и Waldsteinia ternata (Rosaceae)»;

2009–2010 – проект ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» (№ ГК - П622): «Изучение возможности и особенностей применения универсальных молекулярно-биохимических стресс-маркеров для оценки неблагоприятных воздействий на экосистему оз. Байкал»;

2008–2012 – проекты АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы», РНП 2.2.2.3/15045, РНП 2.1.1/8115, РНП 2.2.2.3.16116;

2008 – грант для поддержки научно-исследовательской работы аспирантов и молодых сотрудников ИГУ.

Участие:

2024–2025 – грант РНФ № 24-24-00418: «Роль протекторных белков дегидринов в формировании устойчивости к засухе, холоду и тяжелым металлам у трансгенных растений тополя»;

2022–2023 – грант РНФ № 22-24-01113: «Молекулярные, биохимические, физиологические и морфологические особенности генетически модифицированного быстрорастущего тополя берлинского»;

2016–2018 – грант РФФИ № 16-05-00783: «Структура и пространственная организация растительного покрова неморального рефугима на северном макросклоне хребта Хамар-Дабан (Восточная Сибирь)»;

2014–2016 – грант РФФИ № 14-04-3168: «Надмолекулярная организация и реорганизация дыхательной цепи митохондрий растений в условиях холодовой адаптации и низкотемпературного стресса»;

2014–2015 – грант РФФИ № 14-04-3168: «Изучение влияния гиперэкспрессии ключевых генов биосинтеза гиббереллинов на морфогенез и биомассу древесных растений».

Другие гранты  и проекты (2005-2012):

– гранты Президента РФ для поддержки молодых российских ученых (МК-351.2009.4; МК-4772.2011.4; МД-2063.2012.4);

– проекты ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» (№ ГК - П1710; П1046; 14.740.11.0502, 14.740.11.0926, 16.740.11.0607, 02.740.11.5136, П1352);

– проект АВЦП «Развитие  научного потенциала высшей школы (2009-2010 гг.)», № 2.1.1/982;

– гранты РФФИ: 08-04-10065; 06-04-48099; 05-04-97263; 05-04-97239; 10-04-00611-а; 10-04-92505-ИК-а (совместно с CRDF); 11-04-91321-СИГ-а (совместно с объединением Гельмгольца), 11-04-10098-к; 11-04-00174-а.

 

Зарубежные научные стажировки и работа в составе международных групп

2005, 2007 – Международная научно-образовательная экологическая программа для американский студентов Wellesley college (США) на оз. Байкал (пос. Большие Коты, Иркутская обл.);

2007 – Международная летняя школа «Лимноэкология Байкала» для российских и немецких студентов и аспирантов (Научно-образовательный центр «Байкал», пос. Большие Коты, Иркутская область);

2008–2009 – Институт биологии Берлинского университета имени Гумбольдта (Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD);

2009–2010 – Институт биологии Берлинского университета имени Гумбольдта (Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD);

2010–2011 – Институт биологии Берлинского университета имени Гумбольдта (Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией «Эразмус Мундус: окно в Европейское Сотрудничество»;

2011–2012 – Центр экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD);

2012–2013 – Центр экологических исследований им. Гельмгольца (г. Лейпциг, Германия), приглашенный исследователь. Стажировка поддержана стипендией немецкой службы академических обменов (DAAD).

 

Общественное признание

2007 – именная стипендия Президента РФ для студентов за успехи в научно-исследовательской работе;

2007 – именная стипендия неправительственного экологического Фонда им. В.И. Вернадского для студентов за успехи в научной деятельности и в пропаганде научного наследия В.И. Вернадского;

2008 – 2011 – ежегодная премия НОЦ «Байкал» ИГУ за публикации статей в ведущих рецензируемых журналах;

2008 – именная стипендия Правительства РФ для аспирантов за успехи в научно-исследовательской работе;

2010 – именная стипендия Губернатора Иркутской области для аспирантов за успехи в научно-исследовательской работе;

2013 – премии Правительства РФ в области науки и техники для молодых ученых;

2013 – премия «Энергия молодости» за проект в области энергетики некоммерческого партнерства «Глобальная энергия»;

2016 – именная стипендия неправительственного экологического Фонда им. В.И. Вернадского для кандидатов наук за успехи в научной деятельности;

2019 – именная стипендия мэра г. Иркутска в области науки и техники для нужд городского хозяйства;

2021 – Почетная грамота Президиума сибирского отделения РАН.

2023 – Лауреат областного конкурса в сфере науки и техники в номинации «За значительный вклад в развитие науки и техники и решение социально-экономических проблем Иркутской области».

 

Членство в научных сообществах и ассоциациях

– Общество физиологов растений России;

– Вавиловское общество генетиков и селекционеров;

– Ассоциации стипендиатов экологического фонда имени В.И. Вернадского.

Список основных публикаций

1. Protopopova M., Nelyubina P., Pavlichenko V. (2025) Current Phylogeographic Structure of Anemone altaica (Ranunculaceae) on the Khamar-Daban Ridge Reflects Quaternary Climate Change in Baikal Siberia. Quaternary, 8(2), 20: 1–25.
2. Krivenko D.A., Barsukova I.N., Chepinoga V.V., Gnutikov A.A., Gudkova P.D., Leonova T.V., Myakoshina Y.A., Olonova M.V., Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2025) Botanica Pacifica plant chromosome data 4. Botanica Pacifica, 14(1): 187–194.
3. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2025) Kanamycin-induced growth suppression of fast-growing transgenic poplar carrying the nptII gene. BIO Web of Conferences, 160 (02035): 1–7.
4. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2024) Simplified Method for Agrobacterium-Mediated Genetic Transformation of Populus x berolinensis K. Koch. Methods and protocols, 7(1), 12: 1–13.
5. Павличенко В.В., Протопопова М.В. (2024) Получение и первичная оценка фенотипа тополя берлинского, трансформированного геном AtGA20ox1. Физиология растений, 71(2): 228-242.
6. Гамова Н.С., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Коротков Ю.Н. (2024) Первая достоверная находка Galium odoratum (L.) Scop. и новые местонахождения Galium paradoxum Maxim. в республике Бурятия. Труды Карельского научного центра РАН, 1: 114-123.
7. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2023) Selection of the optimal concentration of indole-3-butyric acid (IBA) in the nutrient medium for effective micropropagation of Populus berolinensis. E3S Web of Conferences, 463 (01032): 1-6.
8. Protopopova M., Pavlichenko V., Chepinoga V., Gnutikov A., Adelshin R. (2023) Waldsteinia within Geum s.l. (Rosaceae): main aspects of phylogeny and speciation history. Diversity, 15(4), 479: 1-30.
9. Protopopova M., Sandanov D., Pavlichenko V., Selyutina I., Stepanov N. (2023) The curious case of Fritillaria sonnikovae (Liliaceae) in South Siberia: new insights into its origin and phylogeny. Diversity, 15(2), 193: 1-21.
10. Protopopova M., Pavlichenko V. (2022) Eranthis Salisb. (Ranunculaceae) in South Siberia: insights into phylogeography and taxonomy. Diversity, 14(10), 779: 1-19.
11. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Dudov S.V. (2021) Habitat Distribution Patterns of Nemoral Relict Plant Species on the Khamar-Daban Ridge (the South of Eastern Siberia) according to Grid Mapping Data. Russian Journal of Ecology, 52 (3): 212-222.
12. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V. (2021) Kanamycin application features for the selective screening of genetically modified Populus X berolinensis. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 839, 042020.
13. Protopopova M.V., Shvetsova N.A., Pavlichenko V.V. (2021) The perspectives for DNA barcoding of Rhaponticum carthamoides (Willd.) Iljin using rbcL gene sequence. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 908, 012030: 1-7.
14. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V. (2021) Phylogeographical patterns based on trnH-psbA plastid DNA shed light on evolution within Waldsteinia (Rosaceae). IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 908, 012027: 1-8.
15. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Luckenbach T. (2020) Changes of cellular stress response related hsp70 and abcb1 transcript and Hsp70 protein levels in Siberian freshwater amphipods upon exposure to cadmium chloride in the lethal concentration range. PeerJ, 8: e8635.
16. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Stepanov N.V., Chepinoga V.V. (2020) IAPT chromosome data 32/8. In: Marhold, K. & Kučera, J. (eds.) & al., IAPT chromosome data 32. Taxon, 69(5): 1130, E13–E14.
17. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Voinikov V.K. (2020) A comparative study of the various light sources regenerative potential using Populus berolinensis root explants as an example.  IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 548: 062093:1–6.
18. Protopopova M., Pavlichenko V., Gnutikov A., Chepinoga V. (2019) DNA Barcoding of Waldsteinia Willd. (Rosaceae) Species Based on ITS and trnH-psbA Nucleotide Sequences. In: Bychkov I., Voronin V. (eds) Information Technologies in the Research of Biodiversity. Springer Proceedings in Earth and Environmental Sciences. Cham: Springer Nature Switzerland: 107–115.
19. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Орлова Д.А., Чепинога В.В. (2019) Филогеографическая структура Anemone baicalensis (Ranunculaceae) на основе полиморфизма пластидной ДНК (trnL-trnF) подтверждает существование плейстоценовых микрорефугиумов на хр. Хамар-Дабан. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 30: 3–15.
20. Чепинога В.В., Степанов Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В. (2019) О распространении Вальдштейнии тройчатой (Waldsteinia ternata, Rosaceae) в Западном Саяне. Ботанический журнал, 104 (8): 1203–1210.
21. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2018) IAPT chromosome data 28. Taxon, 67 (6): 1236–1237, E7–E9.
22. Чепинога В.В., Степанцова Н.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.В., Арбузова Г.А., Скорнякова А.М. (2018) Флористические находки на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 41 –53.
23. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Войников В.К. (2018) Результаты пятилетнего лабораторного культивирования растений тополя берлинского, генетически модифицированных генами uidA и nptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 25: 3–14.
24. Chepinoga V.V., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V. (2017) Detection of the Most Probable Pleistocene Microrefugia on the Northern Macroslope of the Khamar-Daban Ridge (Southern Prebaikalia). Contemporary Problems of Ecology, 10 (1): 38–42.
25. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Chepinoga V.V., Konovalov A.D., Zolotovskaya E.D., Pavlichenko V. V. (2017) IAPT/IOPB chromosome data 26. Taxon, 66 (6): 1488–1489, E6-E8.
26. Gnutikov A.A., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Chepinoga V.V. (2016) IAPT/IOPB chromosome data 22. Taxon, 65 (5): 1201, E7-E8.
27. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Коновалов А.Д., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М, Чепинога В.В. (2016) Перспективы использования внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS1 и ITS2) для идентификации редких видов растений на примере рода Waldsteinia (Rosaceae). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 5–11.
28. Чепинога В.В. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гладких Е.М. (2016) К распространению неморальных видов растений на хребте Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье, Восточная Сибирь). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 17: 30–37.
29. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Байрамова Э.М., Золотовская Е.Д., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Различная устойчивость к канамицину трансгенных клонов Populus ×berolinensis экспрессирующих ген NptII. Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 18: 3–12.
30. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Золотовская Е.Д., Байрамова Э.М., Коновалов А.Д., Войников В.К. (2016) Изучение влияния различных цитокининов на эффективность образования регенерантов при микроклональном размножении тополя берлинского (Populus berolinensis Dipp.). Известия вузов. Прикладная химия и биотехнология, 6 (4): 164–168.
31. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Люкенбах Т. (2016) Может ли повышенное содержания растворенных гуминовых веществ в водоемах ограничивать распространение эндемичных видов за пределы озера Байкал? Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 15: 89–93.
32. Павличенко В.В., Протопопова М.В., Люкенбах Т. (2016) Использование RACE ПЦР для получения частичной последовательности, кодирующей Abcb-подобный белок у Gammarus lacustris (Sars, 1863). Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 16: 90–93.
33. Pavlichenko V.V., Protopopova M.V., Timofeyev M.A., Luckenbach T. (2015) Identification of a putatively multixenobiotic resistance related Abcb1 transporter in amphipod species endemic to the highly pristine Lake Baikal. Environmental science and pollution research, 22 (7): 5453–5468.
34. Чепинога В.В., Мишина А.В., Протопопова М.В., Павличенко В.В., Быстров С.О., Вилор М.А. (2015) Новые данные о распространении некоторых неморальных реликтовых растений в предгорьях хребта Хамар-Дабан (Южное Прибайкалье). Ботанический журнал, 100 (5): 478–489.
35. Протопопова М.В., Павличенко В.В., Гнутиков А.А., Адельшин Р.В., Чепинога В.В. (2015) Использование генетических маркеров для оценки состояния реликтовых видов растений Байкальской Сибири. Вестник РУДН. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности, 4: 28-36.
36. Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Menzel R., Putschew A., Luckenbach T., Steinberg C.E.W. (2014) Contrasting cellular stress responses of Baikalian and Palearctic amphipods upon exposure to humic substances: environmental implications. Environmental science and pollution research, 21 (24): 14124-14137.
37. Bedulina D.S., Evgen’ev M.B., Timofeyev M.A., Protopopova M.V., Garbuz D.G., Pavlichenko V.V., Luckenbach T., Shatilina Z.M., Axenov-Gribanov D.V., Gurkov A.V., Sokolova I. M. Zatsepina O.G. (2013) Expression patterns and organization of the hsp70 genes correlate with thermotolerance in two congener endemic amphipod species (Eulimnogammarus cyaneus and E. verrucosus) from Lake Baikal.  Molecular Ecology, 22: 1416–1430.
38. Shatilina Z.M., Riss H.W., Protopopova M.V., Trippe M., Meyer E.I., Pavlichenko V.V., Bedulina D.S., Axenov-Gribanov D.V., Timofeyev M.A. (2011) The role of the heat shock proteins (HSP70 and sHSP) in the thermotolerance of freshwater amphipods from contrasting habitats. Journal of thermal biology, 36 (2): 142 – 149.
39. Protopopova M.V., Takhteev V.V., Shatilina Zh.M., Pavlichenko V.V., Axenov-Gribanov D.V., Bedulina D.S., Timofeyev M.A. (2011) Small HSPs molecular weights as new indication to the hypothesis of segregated status of thermophilic relict Gmelinoides fasciatus among Baikal and Palearctic amphipods. Journal of Stress Physiology & Biochemistry, 7 (2): 175–182.
40. Shatilina Zh.M., Pobezhimova T.P., Grabel’nykh O.I., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Timofeev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palearctic Gammarus lacustris Sars. I. HSP70 family. Contemporary Problems of Ecology, 3 (1): 41–49.
41. Shatilina Zh.M., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Pavlichenko V.V., Pobezhimova T.P., Grabelnykh O.I., Timofeyev M.A. (2010) Heat shock proteins in the mechanisms of stress adaptation in Baikal amphipods and Palaearctic Gammarus lacustris Sars II. Small HSP family. Contemporary Problems of Ecology, 3 (4): 449–456.
42. Shatilina Zh.M., Gubanov M.V., Zadereev E.S., Pavlichenko V.V., Axenov-Gribanov D.V., Sapozhnikova E.A., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Timofeyev M.A. (2010) Comparative study of thermoresistances’ cellular mechanisms in representatives of the Gammarus lacustris Sars populations inhabiting Saline Lake Shira (Republic of Khakassia) and a fresh water body in the Cis-Baikal region. Doklady Biological Sciences, 434 (1): 359–362.
43. Timofeyev M.A., Protopopova M., Pavlichenko V., Steinberg C.E.W. (2009) Can acclimation of amphipods change their antioxidative response? Aquatic Ecology, 43: 1041–1045.
44. Timoveyev M.A., Shatilina Zh.M., Protopopova M.V., Bedulina D.S., Pavlichenko V.V., Kolesnichenko A.V., Steinberg C.E.W. (2009) Thermal stress defense in freshwater amphipods from contrasting habitats with emphasis on small heat shock proteins (sHSPs). Journal of Thermal Biology, 34: 281–285.
45. Timofeyev M., Shatilina Zh., Bedulina D., Protopopova M., Pavlichenko V., Grabelnych O., Kolesnichenko A. (2008) Evaluation of biochemical responses in Palearctic and Lake Baikal' endemic amphipod species exposed to CdCl₂. Ecotoxicology and Environmental Safety, 70: 99–105.
46. Timofeyev M.A., Shatilina Zh.M., Bedulina D.S., Protopopova M.V., Kolesnichenko A.V. (2008) Application of heat shock proteins as stress markers in aquatic organisms using endemic Baikal amphipods as an example. Applied biochemistry and microbiology, 44 (3): 310–313.
47. Колесниченко А.В., Тимофеев М.А., Протопопова М.В. (2008) Токсичность наноматериалов – 15 лет исследований. Российские нанотехнологии, 3 (3-4): 54 – 61.
48. Шатилина Ж.М., Бедулина Д.С., Протопопова М.В. (2005) Участие низкомолекулярных БТШ в механизмах клеточной защиты, активизирующихся при интоксикации солями кадмия. Вестник Российского государственного медицинского университета, 3 (42): 195.